A povoação que deu origem à sede municipal localizava-se no antigo município de Forte, hoje simples povoado, com a denominação de ‘Olhos D′água’, em virtude de diversas nascentes existentes na região. Em 1910, segundo o Anuário Estatístico e Geográfico do Estado de Goiás, o povoado possuía apenas duas casas e uma capela dedicada a São João e denominava-se Capetinga, nome originário do ribeirão que banha a região. Mais tarde, tornou-se conhecido por São João de Capetinga, em louvor ao padroeiro e à denominação antiga do local. Em 22 de abril de 1931, o povoado foi elevado à categoria de Vila, com o novo topônimo de São João d′Aliança, em homenagem à Aliança Liberal que triunfou em 1930, tornando-se sede do município de Forte, que retornou à condição de povoado, pela Lei Estadual nº 793, de 6 de março de 1931, que determinara a transferência da sede municipal.
Formação Administrativa
Distrito criado com a denominação de Capetinga (ex-povoado) pela Lei Municipal n.º 7 de outubro de 1904, subordinado ao município de Forte. Em divisão administrativa referente ao ano de 1911, o distrito figura no município de Forte. Pela Lei Estadual n.º 793, de 06-03-1931, o distrito de Capetinga passou a denominar-se São João d’Aliança. Pelo Decreto acima citado é transferida a sede do município de Forte para a povoação de São João da Capetinga, com a denominação de São João d’Aliança passando o município a ter esta denominação. Em divisão administrativa referente ao ano de 1933, o município já denominado São João d’Aliança é constituído de 2 distritos: São João d’Aliança e Forte.
Pelo Decreto-lei Estadual n.º 1.233, de 31-10-1938, o município de São João d’Aliança foi extinto, sendo que seu território anexado ao município de Formosa. No quadro fixado para vigorar no período de 1939-1943, São João d’Aliança figura como distrito do município de Formosa. Assim permanecendo em divisão territorial datada de 1-VII-1950. Elevado novamente à categoria de município com a denominação de São João d’Aliança, pela Lei Estadual n.º 782, de 01-10-1953, desmembrado de Formosa. Sede no antigo distrito de São João d’Aliança. Constituído do distrito sede. Instalado em 01-01-1954. Em divisão territorial datada de 1-VII-1960, o município é constituído do distrito sede. Pela Lei Municipal n.º 9.154, de 14-05-1982, é criado o distrito de Forte e anexado ao município de São João d’ Aliança. Em divisão territorial datada de 18-VIII-1988, o município é constituído de 2 distritos: São João d’Aliança e Forte. Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2017.
Fonte: IBGE